第一阶段诺亚公园

游戏的初始关卡，必须强制通过。而本关之后第二阶段的8个关卡顺序则可自由选择。
关卡要点：当过第一个小水沟时，要注意艾克斯无法蹲下，也无法斜向下射击那些小蟹形机器人。然后遇到的一处悬崖需要艾克斯冲刺才能过去，第一次玩会让你大呼头痛。对于杰洛的考验是，第一次要进行2段跳才能飞到房间上方出口，熟悉操控是本关的最大任务。

隐藏要素
1.杰洛在遇到的第一个瀑布前进行2段跳，跳进瀑布里的一个平台，可得到稀有金属。
2.前提是艾克斯已取得了头部配件，从第一个房间出来后，跳起就可看到画面顶部出现了一些金属，旁边有一处地方岩石与众不同，艾克斯在下面跳起击破岩石，上去后取得稀有金属。
3.主角必须是艾克斯，时机是第二次进入诺亚公园，地点在前次需要杰洛第一次进行2段跳的房间前，可发现先前没有打开的门这次开启了，艾克斯进入后得到手腕配件I。
奖励关卡：在瀑布前镇压小蟹形机器人的暴乱，敌人数量很多，但威胁不大，唯一需要注意的是那只飞来飞去的机械手。本关最大可杀敌999，目的就是赚取金属，没有实际意义。
Boss：铁手机器人
Boss战技巧：本关会3次遇见Boss铁手机器人，他会一次比一次表现强。第一次露面，建议选择艾克赛尔滞空射击它，一旦被它的飞爪擒住，赶紧换人就OK了。第二次要待它从瀑布中露头了才能打击它，不过可使用双重攻击。最后一次，这厮变得很强了，需要艾克斯蓄力后射击其头部使它暂时瘫痪，然后再攻击其背部，并注意收集它掉落的钻石。几次发动双重攻击之后就可击败它了。